دانلود rDock v24.04.204 نرم افزار داکینگ مولکولی

rDock یا RiboDock نرم افزار تخصصی شیمی برای داکینگ مولکولی (Molecular Docking) می باشد که به صورت رایگان برای سیستم عامل لینوکس دانلود می کنید. این نرم افزار می تواند برای داکینگ مولکول های کوچک در برابر پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک استفاده شود. برای غربالگری مجازی با توان بالا (HTVS) و مطالعات پیش بینی حالت اتصال طراحی شده است.

امکانات و قابلیت های نرم افزار rDock 

Docking Preparation آماده سازی داکینگ: حفره ها را با استفاده از کلاسورهای شناخته شده یا با مختصات سه بعدی ارائه شده توسط کاربر تعریف کنید. اجازه دهید زنجیره های جانبی گیرنده OH- و NH2- بچرخند. مولکول های حلال و آب  را اضافه کنید. محدودیت‌های فارماکوفریک را به عنوان یک سوگیری برای هدایت داکینگ ارائه کنید.

Pre-Processing of input files پیش پردازش فایل‌های ورودی: ساختار لیگاند مشترک را برای انجام داکینگ متصل (به OpenBabel python binding) تعریف کنید. برای تسهیل موازی سازی، فایل های لیگاند را مرتب، فیلتر یا تقسیم کنید. پروتکل HTVS را برای بهینه سازی زمان محاسبه پیدا کنید. شبکه‌ها را از قبل محاسبه کنید تا زمان‌های محاسبه بعدی کاهش یابد.

Post-Processing and Analysis of results پس پردازش و تجزیه و تحلیل نتایج: نتایج را در قالب جدول خلاصه کنید. مرتب سازی، فیلتر کردن، ادغام یا تقسیم فایل های نتایج. RMSD را با یک ساختار مرجع با در نظر گرفتن تقارن های داخلی محاسبه کنید (نیاز به پایتون OpenBabel دارد).

Binding Mode Prediction پیش‌بینی حالت اتصال: پیش‌بینی کنید که لیگاند چگونه به یک مولکول معین متصل می‌شود. مجموعه تست غیر زائد ASTEX برای پروتئین ها و مجموعه های تست DOCK و rDock برای RNA برای اعتبارسنجی و مقایسه rDock با سایر برنامه ها استفاده شده است.

HTVS: با بهره‌برداری از قابلیت‌های محاسباتی رایانه‌ای، میلیون‌ها ترکیب را در زمان کوتاه اجرا کنید. سهولت موازی سازی در CPUهای نسبتاً نامحدود برای بهینه سازی زمان اجرای HTVS. مجموعه DUD برای اعتبارسنجی rDock و مقایسه عملکرد آن با سایر برنامه‌های docking مرجع استفاده شده است.