دانلود MGLTools 1.5.7 Win/Linux نرم افزار تجسم و تحلیل ساختارهای مولکولی

MGLTools (یا Molecular Graphics Laboratory Tools) یک مجموعه ابزار بسیار مهم در شیمی محاسباتی، شیمی دارویی و بیوانفورماتیک است که بیشتر به‌عنوان پیش‌نیاز و محیط آماده‌سازی برای اتوداک AutoDock و AutoDock Vina شناخته می‌شود. نقش اصلی MGLTools، آماده‌سازی ساختارهای مولکولی (پروتئین و لیگاند) برای انجام شبیه‌سازی اتصال دارو–هدف (Molecular Docking) است. این آماده‌سازی شامل اصلاح ساختار، افزودن بار و هیدروژن و تبدیل فایل‌ها به فرمت مناسب محاسباتی می‌باشد.

AutoDockTools یا (ADT) یک نمایشگر گرافیکی برای تنظیم و اجرای AutoDock است – یک نرم افزار تکینک خودکار که برای پیش بینی اینکه مولکول های کوچک مانند زیربناها یا نامزد های دارویی به گیرنده ساختار شناخته شده 3D متصل شده اند.

Python Molecular Viewer یا (PMV) یک نمایشگر مولکولی قدرتمند است که دارای تعدادی ویژگی قابل تنظیم و همراه با بسیاری از دستورات قابل تنظیم از محدوده نمایش سطوح مولکولی به رندر حجم پیشرفته است.

Vision چشم انداز یک محیط برنامه بصری است که در آن کاربر می تواند به طور تعاملی شبکه هایی را توصیف کند که ترکیب جدیدی از روش های محاسباتی را ایجاد می کنند و تجسم های جدیدی از داده هایشان را بدون در نظر گرفتن کد ایجاد می کنند.

کاربردهای MGLTools در شیمی محاسباتی

 آماده‌سازی پروتئین (Receptor Preparation)

با استفاده از MGLTools می‌توان:

• حذف مولکول‌های آب (Water molecules)
• حذف لیگاندها و یون‌های اضافی
• افزودن هیدروژن‌های قطبی (Polar Hydrogens)
• محاسبه و اختصاص بارهای جزئی (Gasteiger Charges)
• ذخیره ساختار نهایی به فرمت PDBQT

این مراحل برای دقت بالای شبیه‌سازی داکینگ ضروری هستند.

آماده‌سازی لیگاند (Ligand Preparation)

در بخش آماده‌سازی لیگاند، MGLTools امکان انجام موارد زیر را فراهم می‌کند:

• شناسایی پیوندهای قابل چرخش (Rotatable Bonds)
• تنظیم درجه آزادی مولکول
• افزودن بارهای جزئی
• ذخیره لیگاند در فرمت PDBQT برای AutoDock

تعریف فضای داکینگ (Grid Box)

یکی از مهم‌ترین مراحل شبیه‌سازی داکینگ، تعیین ناحیه اتصال لیگاند به پروتئین است.
در محیط AutoDockTools (ADT) می‌توان:

• محل Active Site را مشخص کرد
• ابعاد Grid Box (طول، عرض، ارتفاع) را تنظیم نمود
• موقعیت Grid Box را به‌صورت گرافیکی و رنگی روی ساختار پروتئین مشاهده کرد

نمایش و بررسی ساختارهای مولکولی

MGLTools دارای محیط گرافیکی برای مشاهده ساختارهای سه‌بعدی است که امکان:

• نمایش پروتئین و لیگاند به‌صورت 3D
• رنگ‌بندی بر اساس نوع عنصر یا زنجیره
• بررسی ساختار قبل از انجام محاسبات
  را فراهم می‌کند.

تحلیل نتایج داکینگ

پس از اجرای AutoDock یا AutoDock Vina، می‌توان با استفاده از MGLTools:

• فایل‌های خروجی داکینگ را باز کرد
• حالت‌های مختلف اتصال (Binding Poses) را مشاهده نمود
• انرژی اتصال و کیفیت داکینگ را مقایسه کرد