دانلود GROMACS 2021.1 نرم افزار گرومکس شبیه سازی دینامیک مولکولی

GROMACS نرم افزار و برنامه گرومکس یکی از بهترین و کامل ترین نرم افزارهای رایگان و متن باز در زمینه شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد که می تواند معادلات نیوتنی حرکت برای سیستم هایی با صدها تا میلیون ذره را با بالاترین سرعت و دقت شبیه سازی کند. در ادامه از جم شیمی این نرم افزار محاسباتی شیمی را رایگان دانلود نمایید. این نرم افزار برای مولکول های بیوشیمیایی مانند پروتئین ها، لیپید ها و اسیدهای نوکلئیک است که دارای بسیاری از پیچیدگی های متقابل هستند بسیار مفید و کاربردی می باشد. آموزش استفاده از نرم افزار شبیه سازی نرم افزار گرومکس و نحوه نصب آن نیز در ادامه دانلود خواهید کرد.

 اما از آنجا که GROMACS بسیار سریع در محاسبه تداخلات غیر باند (که معمولا در شبیه سازی ها تسلط دارند)، بسیاری از گروه ها نیز برای تحقیق در مورد غیر سیستم های بیولوژیکی، به عنوان مثال پلیمرها. GROMACS از تمامی الگوریتم های معمولی که شما از پیاده سازی دینامیک مولکولی مدرن انتظار دارید (از طریق مرجع آنلاین یا دستورالعمل برای جزئیات بیشتر) پشتیبانی می کند، اما ویژگی های بسیار خوبی نیز وجود دارد که آن را از رقابت جدا می کند:

GROMACS عملکرد بسیار بالایی در مقایسه با سایر برنامه های دیگر دارد. بسیاری از بهینه سازی های الگوریتمی در کد معرفی شده است؛ برای نمونه ما محاسبه وییرال را از حلقه های درونی تر از تعاملات دوطرفه استخراج کرده ایم و از روال نرم افزار خودمان برای محاسبه ریشه مربع معکوس استفاده می کنیم. در GROMACS 4.6 و بالاتر، تقریبا در همه سیستم عامل های محاسباتی رایج، حلقه های داخلی در C با استفاده از توابع درونی که کامپایلر به دستورالعمل های ماشین تبدیل می شود، برای استفاده از همپوشانی سطح در دسترس در دسترس، نوشته می شود. این هسته ها به صورت تک و دو دقت در دسترس هستند و پشتیبانی از انواع مختلف پشتیبانی از SIMD در پردازنده های خانواده x86 (و دیگر) است.

GROMACS کاربر پسند است، با توپولوژی ها و پارامترهای فایل نوشته شده در قالب متن روشن است. بررسی های سازگاری زیادی وجود دارد و وقتی پیام اشتباه است، پیام های خطای واضح صادر می شود. از آنجا که یک preprocessor C استفاده می شود، شما می توانید قطعات شرطی خود را در توپولوژی های خود داشته باشید و شامل فایل های دیگر. شما حتی می توانید فایل ها را از طریق gzip بیشتر را فشرده کنید و GROMACS به طور خودکار آنها را می خواند.

هیچ زبان برنامه نویسی وجود ندارد – همه برنامه ها از یک رابط ساده با گزینه های خط فرمان برای فایل های ورودی و خروجی استفاده می کنند. با استفاده از گزینه -h همیشه می توانید در گزینه ها با استفاده از دستورالعمل های گسترده ای که به صورت رایگان در قالب الکترونیکی یا کاغذ ارائه می شوند، از گزینه ها استفاده کنید.

همانطور که شبیه سازی ادامه دارد، GROMACS به طور پیوسته به شما می گوید که چقدر زمان آن رسیده است و چه زمان و تاریخی انتظار دارد تا آن را تمام کند.

برای دانلود GROMACS 2021.1 نرم افزار گرومکس شبیه سازی دینامیک مولکولی از سایت JamShimi جم شیمی روی لینک های دانلود در بخش زیر کلیک کنید.