دانلود PLUMED 2.9.0 نرم افزار شبیه سازی دینامیک مولکولی

PLUMED نرم افزار شیمی برای مدل سازی و شبیه سازی محاسبات دینامیک مولکولی که شامل کتابخانه منبع باز و توسعه یافته که طیف گسترده ای از روش های مختلف محاسباتی MD را ارائه می دهد. این تکنیک ها را می توان در ترکیب با جعبه ابزار بزرگی از متغیرهای جمعی استفاده کرد که فرآیندهای پیچیده molecular dynamics در فیزیک، شیمی، علم مواد و زیست شناسی را توصیف می کند.

برخی از قابلیت های نرم افزار PLUMED 

• الگوریتم های نمونه گیری پیشرفته
• روش های محاسبه انرژی آزاد
• ابزارهایی برای تجزیه و تحلیل حجم وسیعی از داده های تولید شده توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD).
• پشتیبانی از انواع روش های محاسباتی و شبه سازی در دینامیک مولکولی
• شبیه سازی دینامیک مولکولی انواع پروتئین ها

PLUMED با برخی از محبوب ترین نرم افزار دینامیک مولکولی MD مانند ACEMD، Amber، DL_POLY، GROMACS، LAMMPS، NAMD، OpenMM، DFTB+، ABIN، CP2K، i-PI، PINY-MD، و کوانتوم اسپرسو کار می کند. علاوه بر این، PLUMED را می توان برای تقویت قابلیت های ابزارهای تجزیه و تحلیل مانند VMD، HTMD، OpenPathSampling و به عنوان یک ابزار مستقل برای تجزیه و تحلیل مسیرهای MD از پیش محاسبه شده استفاده کرد.