دانلود alvaMolecule 2.0.2 نرم افزار شبیه سازی و آنالیز داده های مولکولی

alvaMolecule نرم افزار شیمی از شرکت Alvascience که برای شبیه سازی، آنالیز و تجزیه و تحلیل، مدیریت و استاندارد سازی داده های مولکولی برای شیمیدان ها می باشد. alvaMolecule به عنوان یک کاربرگ مولکولی تصور می شود که در آن مجموعه داده های مولکولی را می توان هم به عنوان یک شبکه مولکولی یا به عنوان یک صفحه گسترده تجسم کرد. داده های اضافی ارائه شده در فایل های SMILES و MDL به طور خودکار وارد می شود و می تواند همراه با توصیفگرهای محاسبه شده و ویژگی های فیزیکوشیمیایی، برای مرتب سازی و فیلتر کردن مجموعه داده های مولکولی استفاده شود.

اصلاح ساختار مولکولی

alvaMolecule 10 چک کننده از پیش تعریف شده را ارائه می دهد که می تواند به شناسایی ساختار اشتباه یا فیلتر کردن ویژگی های ساختاری خاص کمک کند:

• ساختارهای متعدد
• اتم های ظرفیت غیرمعمول
• پیوندهای کووالانسی/یونی
• بار کل
• ایزوتوپ ها
• اتم های باردار
• بدون اتم کربن
• اتم های غیر استاندارد (H,B,C,N,O,P,S,F,Cl,Br,I)
• آروماتیک بودن
• اتم های رادیکال

استاندارد سازی ساختار مولکولی

alvaMolecule customizeralvaMolecule  استانداردساز از پیش تعریف شده را ارائه می دهد که می توانند برای رفع نمایش اشتباه مولکول ها، حذف ویژگی های خاص از مولکول ها یا استانداردسازی ویژگی های ساختاری خاص استفاده شوند:

• پیوندهای کووالانسی غیر معمول را به پیوندهای یونی تبدیل کنید
• به نیتروژن های چهارتایی بار اضافه کنید
• هیدروژن های بیش از حد را حذف کنید
• هیدروژن های از دست رفته را اضافه کنید
• فرگمنت تک اتمی را حذف کنید
• بزرگترین فرگمنت را حفظ کنید
• استاندارد کردن گروه های نیترو
• استاندارد کردن گروه های آزیدی
• استاندارد کردن گروه های دیازو
• ایزوتوپ های شفاف
• کایرالیته روشن
• جهت پیوند را پاک کنید
• رادیکال ها را حذف کنید
• اتم ها را خنثی کنید
• مولکول ها را خنثی کنید

علاوه بر لیست استانداردسازهای از پیش تعریف شده، alvaMolecule امکان تعریف استانداردسازهای سفارشی را نیز فراهم می کند. استانداردساز سفارشی را می توان برای عادی سازی ساختار مولکولی با تعریف یک تبدیل مولکولی که می تواند روی یک مولکول واکنش دهنده اعمال شود، استفاده کرد. تبدیل را می توان با استفاده از زبان SMIRKS تعریف کرد.

تکثیر کردن آنالیز

alvaMolcule duplicates analysisalvaMolecule را می توان برای شناسایی ساختارهای تکراری یا مولکول هایی با مقدار یکسان برای یک ستون خاص استفاده کرد. تجزیه و تحلیل تکراری را می توان بر روی ساختارهای مولکولی (Molecule) یا روی ستونی از مجموعه داده انجام داد:

• مولکول: مولکول هایی که ساختار مولکولی یکسانی دارند به صورت تکراری شناسایی می شوند. در این حالت، می توان مجموعه ای از ویژگی ها را انتخاب کرد که در طول تجزیه و تحلیل تکراری نادیده گرفته شوند. به عنوان مثال، با انتخاب گزینه Ignore stereochemistry، آنالیز تکراری با نادیده گرفتن استریوشیمی انجام می شود، یعنی مولکول هایی با ساختار مولکولی یکسان اما با استریوشیمی متفاوت به عنوان تکراری در نظر گرفته می شوند.
• ستون: مولکول هایی که مقدار یکسانی برای ستون انتخابی دارند به عنوان تکراری شناسایی می شوند.

پس از شناسایی موارد تکراری، آنها در پنجره اصلی نمایش داده می شوند. علاوه بر این، تعداد موارد تکراری شناسایی شده نشان داده شده است. موارد تکراری را می توان به صورت دستی (به عنوان مثال با حذف مولکول های تکراری) یا با استفاده از گزینه مدیریت خودکار تکراری ها مدیریت کرد.

توصیفگرهای مولکولی و خواص فیزیکوشیمیایی

alvaMolecule 88 توصیف کننده مولکولی و خواص فیزیکوشیمیایی را محاسبه می کند. به طور خاص alvaMolecule مجموعه گسترده‌ای از توصیف‌گرهای ساختاری متعلق به توصیف‌گرهای ساختاری و حلقه‌ای را همانطور که در alvaDesc پیاده‌سازی شده‌اند، محاسبه می‌کند.

علاوه بر این، alvaMolecule بسیاری از خواص فیزیکوشیمیایی، نمرات دارو مانند و سرب را محاسبه می کند، از جمله چندین ویژگی فیزیکوشیمیایی مبتنی بر مدل مانند شکست مولی، مساحت سطح قطبی توپولوژیکی (TPSA)، تخمین حجم مولکولی و دو مدل LogP (Moriguchi و Ghose-). ضریب تقسیم اکتانول-آب چیپن). فهرست قابل توجهی از نمرات شبه دارو و سرب ارائه شده است، از جمله شاخص هشدار شناخته شده Lipinski، که می تواند برای فیلتر کردن ترکیبات شبه دارو و سرب استفاده شود.

مشخصات نرم افزار alvaMolecule

• سیستم عامل: Windows x64
• حجم نرم افزار: 22.4 مگابایت
• روش فعال سازی: با لایسنس (تک کاربره برای یک کامپیوتر)
• راهنمای نصب: به زبان فارسی و تصویری