دانلود alvaDesc 2.0.14 نرم افزار محاسبه توصیفگر مولکولی و اثر انگشت مولکولی

alvaDesc نرم افزار تخصصی از شرکت Alvascience شیمی برای محاسبه انواع توصیفگر های مولکولی و اثر انگشت مولکولی همراه با لایسنس و کرک که شامل ابزارهای مختلف QSAR برای آنالیز توصیفگرهای مولکولی و اثر انگشت است. یکی از خلاقانه‌ترین ویژگی‌های alvaDesc توانایی آن برای کنترل ساختارهای مولکولی کاملاً متصل و غیر کامل مانند نمک‌ها و مایعات یونی است. همه الگوریتم های محاسبه توصیفگر مولکولی، رویکردهای نظری مختلفی را برای محاسبه توصیفگرهای مولکولی در چنین ساختارهایی ارائه می دهند.

alvaDesc ابزارهای مختلفی را برای انجام اولین کاوش در مجموعه داده مولکولی شما فراهم می کند:

• بررسی ساختار مولکولی با استفاده از خدمات PubChem
• تجسم و فیلتر کردن ساختار مولکولی
• تجزیه و تحلیل مؤلفه اصلی (PCA)، t-SNE و تجزیه و تحلیل همبستگی

با توجه به قابلیت محاسبه تعداد زیادی توصیفگر مولکولی، alvaDesc ابزارهای کاهش متغیر، از جمله روش سریع V-WSP (روش کاهش متغیر اقتباس شده از طرح‌های پرکننده فضا) را ارائه می‌کند.

توصیفگرهای مولکولی

بیش از 4000 توصیفگر مستقل از اطلاعات سه بعدی مانند ساختاری، توپولوژیکی، فارماکوفور را محاسبه می کند. این شامل شاخص های ETA و Atom-type E-state همراه با گروه های عملکردی و تعداد قطعات است. علاوه بر این، alvaDesc تعداد گسترده‌ای از توصیفگرهای سه بعدی مانند همبستگی خودکار سه بعدی، توصیف‌گرهای مولکولی ثابت کل‌گرای وزنی (WHIM) و GETAWAY را پیاده‌سازی می‌کند. در صورت نیاز، alvaDesc می‌تواند بارهای جزئی را با استفاده از «برابری جزئی الکترونگاتیوی مداری» (PEOE) Gasteiger محاسبه کند.

خواص مولکولی، شاخص های دارو مانند Drug-like  و سرب مانند Lead-like

alvaDesc محاسبه چندین ویژگی فیزیکوشیمیایی مبتنی بر مدل مانند شکست مولی، مساحت سطح قطبی توپولوژیکی (TPSA)، تخمین حجم مولکولی، سه مدل LogP (Moriguchi، Ghose-Chippen و Wildmann-Crippen ضریب تقسیم اکتانول-آب)، LogP را فراهم می کند. مدل اجماع (LOGPcons) و یک مدل حلالیت آبی LogS (ESOL).

به منظور به دست آوردن یک تخمین کمی از دسترسی مصنوعی مولکول ها، alvaDesc شامل امتیاز دسترسی مصنوعی مولکول های دارو مانند (SAscore) است. فهرست قابل توجهی از هشدارهای شبه دارو و سرب وجود دارد که شامل شاخص هشدار معروف Lipinski می‌شود. با توجه به اهمیت شباهت به دارو هنگام انتخاب ترکیبات در مراحل اولیه کشف دارو، alvaDesc شامل محاسبه تخمین کمی شباهت دارو (QED) است.

اثر انگشت مولکولی

alvaDesc محاسبه اثر انگشت MACCS166، اثرانگشت اتصال گسترده (ECFP) و اثرانگشت مسیر (PFP) را انجام می‌دهد و امکان سفارشی‌سازی و محاسبه بیشترین استفاده از اثر انگشت مولکولی هش شده را فراهم می‌کند. محاسبه اثر انگشت هش شده نه تنها با توجه به اندازه اثر انگشت، نوع قطعه و ابعاد بلکه حتی با تعریف پارامترهای اتم و پیوند در نظر گرفته شده در هنگام شناسایی قطعه (مانند نوع اتم، آروماتیک بودن، تعداد اتم‌های هیدروژن متصل، اتصال) قابل تنظیم است. alvaDesc قطعات شناسایی شده در حین محاسبه اثر انگشت را به عنوان رشته های SMARTS ارائه می دهد (SMARTS یک نماد خطی است که توسط Daylight Chemical Information Systems برای نشان دادن زیرساخت های مولکولی ایجاد شده است).

مشخصات نرم افزار alvaDesc

• سیستم عامل: Windows x64
• حجم نرم افزار: 21.9 مگابایت
• روش فعال سازی: با لایسنس (تک کاربره برای یک کامپیوتر)
• راهنمای نصب: به زبان فارسی و تصویری