دانلود FlexAID 1.76 نرم افزار داکینگ مولکولی و پروتئین

FlexAID نرم افزار تخصصی شیمی برای داکینگ مولکولی و پروتئین و طراحی لیگاند و نرم افزاری که می تواند از مولکول ها و پپتیدهای کوچک به عنوان لیگاند و پروتئین ها و اسیدهای نوکلئیک به عنوان اهداف اتصال استفاده کند. نرم افزار FlexAID که در ادامه از جم شیمی دانلود می کنید و همانطور که از نام آن پیداست، FlexAID از انعطاف پذیری کامل لیگاند و همچنین انعطاف پذیری زنجیره جانبی هدف پشتیبانی می کند. این کار با استفاده از یک تابع امتیازدهی نرم بر اساس مکمل بودن دو سطح (لیگاند و هدف) انجام می دهد.

مشخص شده است که FlexAID از نرم افزارهای پرکاربرد موجود مانند AutoDock Vina و FlexX در پیش بینی وضعیت های اتصال بهتر عمل می کند. این امر به ویژه در مواردی که انعطاف‌پذیری هدف بسیار مهم است، مانند مواردی که احتمالاً در استفاده از مدل‌های همسانی وجود دارد، صادق است.

FlexAID از یک تابع امتیاز دهی نرم استفاده می کند، یعنی تابعی که وابستگی زیادی به معیارهای هندسی خاص ندارد، بر اساس مکمل بودن سطح. پارامترهای انرژی تابع امتیازدهی از طبقه‌بندی یک مجموعه داده بزرگ از ترکیبات بومی و نزدیک بومی (کمتر از 2Å RMSD) برای نزدیک به 1500 کمپلکس از پایگاه داده PDBbind به عنوان نمونه‌های مثبت واقعی به دست آمد. این ها در طول دوره‌های متوالی بهینه‌سازی مونت کارلو در مجموعه‌های روزافزون و پی در پی دشوارتر (فریب‌های انرژی کم‌تر) با RMSD بالای 2Å مقابله شدند. FlexAID در پروژه های متعددی در همکاری ها و در گروه ما استفاده شده است.