دانلود BioPharmics Surflex Platform 5.191 نرم افزار طراحی محاسباتی دارو و داکینگ مولکولی

BioPharmics Surflex Platform نرم افزار تخصصی برای طراحی محاسباتی دارو و داکینگ مولکولی در شیمی دارویی و همین طور طراحی سه بعدی مبتنی بر لیگاند و مبتنی بر ساختار مولکولی است. BioPharmics اکنون بخشی از Optibrium Ltd BioPharmics LLC می باشد که در سال 1998 برای توسعه الگوریتم‌ها و نرم‌افزار برای طراحی محاسباتی دارو تاسیس شد. راه‌حل‌های پیشرو در زمینه‌های تبدیل لیگاند دو بعدی به سه بعدی و تولید conformer (FGen3D و ForceGen)، داکینگ مولکولی (Surflex-Dock)، شباهت مولکولی (eSim)، پیش‌بینی میل ترکیبی (QuanSA) و مدل‌سازی فضای واقعی لیگاند شامل می شود.

پلتفرم Surflex از پنج ماژول تشریح شده در زیر برای ابزارهای محاسباتی برای کشف دارو تشکیل شده است. فایل راهنمای Surflex شامل جزئیات همه روش‌ها و گزینه‌های محاسباتی در هر ماژول با استفاده از خط فرمان CMD است. همه ماژول‌ها دارای قابلیت چند هسته‌ای هستند و با سیستم های چند هسته‌ای مدرن، workstations و کلاسترهای HPC، سرعت‌های بسیار قابل‌توجهی مشاهده می‌شود.

ماژول Tools

ماژول Tools بر آماده سازی و پردازش مولکول های کوچک متمرکز است. مجموعه ای از ویژگی ها را ارائه می دهد که مدیریت سریع و دقیق داده های مولکولی را تضمین می کند.

ویژگی ها و مزایا:

• تبدیل دو بعدی به سه بعدی: ورودی SMILES یا SDF را به ساختارهای سه بعدی تبدیل می کند.
• تشخیص کایرالیته: مراکز کایرال را شناسایی و شمارش می کند.
• پروتوناسیون: حالت پروتوناسیون مولکول ها را تنظیم می کند.
• Conformer Generation: ترکیبات متنوعی از مولکول ها را تولید می کند.

این ماژول از میدان نیروی MMFF94sf برای استخراج ساختار استفاده می کند و دقت بالایی را تضمین می کند. این به ویژه در پردازش لیگاندهای ماکروسیکلیک ماهر است و می‌تواند محدودیت‌های NMR را که برای ماکروسیکل‌های پپتیدیک بزرگ ضروری است، وارد کند.

ماژول Similarity

ماژول Similarity در انجام عملیات شباهت مولکولی سه بعدی با استفاده از روش eSim برتری دارد و آن را به ابزاری ارزشمند برای غربالگری مجازی و پیش‌بینی ژست تبدیل می‌کند.

ویژگی ها و مزایا:

• غربالگری مجازی: پایگاه داده های مولکولی بزرگ را با سرعت بیش از 20 میلیون ترکیب در روز در یک هسته به طور کارآمد نمایش می دهد.
• پیش‌بینی وضعیت: پیش‌بینی‌های ژست و وضعیت بسیار دقیقی را ارائه می‌دهد.
• تراز چند لیگاند: چند لیگاند را برای تجزیه و تحلیل مقایسه ای تراز می کند.
• قابلیت‌های غربالگری مجازی ماژول از نظر آماری و عملی برتر است و آن را به ابزاری قدرتمند برای غربالگری با توان بالا تبدیل می‌کند.

Docking و ماژول های xGen

این ماژول ها یک راه حل جامع برای غربالگری مجازی، پیش بینی وضعیت و مدل سازی چگالی اشعه ایکس لیگاندها ارائه می دهند.

ویژگی های ماژول Docking:

• بازیابی PDB: بازیابی و پردازش ساختارهای PDB در مقیاس بزرگ را خودکار می کند.
• Binding Site Alignment: از PSIM برای تراز مبتنی بر سطح استفاده می کند.
• انتخاب نوع جیبی: به طور خودکار ترکیبات پروتئینی مربوطه را برای غربالگری مجازی انتخاب می کند.

ویژگی های ماژول XGen:

• مدل‌سازی چگالی لیگاند: از مجموعه‌های ساختاری برای پالایش فضای واقعی استفاده می‌کند.
• برازش چگالی اشعه ایکس: منطبق کننده های شیمیایی حساس با انرژی کرنش کم تولید می کند و تناسب با چگالی اشعه ایکس را بهبود می بخشد.

این ماژول ها بسیار معتبر هستند و می توانند لیگاندهای غیر ماکروسیکلیک و ماکروسیکلیک را با دقت بالا مدیریت کنند.

ماژول Affinity

ماژول Affinity از روش QuanSA برای پیش‌بینی میل ترکیبی و وضعیت لیگاند استفاده می‌کند و یادگیری ماشین را برای افزایش دقت پیش‌بینی یکپارچه می‌کند.

ویژگی ها و مزایا:

• پیش‌بینی پیوند پیوندی: با استفاده از مدل‌های فیزیکی، میل پیوند را به صورت کمی پیش‌بینی می‌کند.
• پیش‌بینی وضعیت: به‌طور دقیق حالت‌های اتصال لیگاند را پیش‌بینی می‌کند.
• اصلاح مدل: به طور مکرر مدل ها را با داده های جدید اصلاح می کند و دقت را در طول زمان بهبود می بخشد.

این ماژول مدل‌های جامعی را ایجاد می‌کند که اساس علّی برهمکنش‌های پروتئین-لیگاند را تقریبی می‌کند و آن را به ابزاری منحصربفرد و قدرتمند برای کشف دارو تبدیل می‌کند.

مشخصات نرم افزار BioPharmics Surflex Platform

• سیستم عامل: ( لینوکس- ویندوز و مک macOS)
• حجم فایل فشرده: 2.78 گیگابایت
• اعتبار لایسنس: 6 سال
• راهنمای نصب: فارسی برای ویندوز