دانلود Amber22 + AmberTools22 نرم افزار شبیه ساز دینامیک مولکولی

Amber امبر و امبرتولز AmberTools نرم افزار شیمی محاسباتی است که برای انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی سیستم های بس ذره ای بر اساس معادلات حرکت نیوتن گسترش یافته و کاربرد دارد . از نرم افزار AMBER برای بررسی و شبیه سازی سیستم های زیستی استفاده می شود. کلمه Amber که برای این نرم افزار به کار می رود مخفف کلمات زیر می باشد و حروف بزرگ ابتدای هر کلمه : Assisted Model Building with Energy Refinement تشکیل دهنده نام این نرم افزار می باشد.

این نرم افزار فقط تحت سیستم عامل لینوکس قابل اجرا است. نرم افزار Amber شامل دو قسمت است:Amber و  AmberTools . برای انجام تمام مراحل یک شبیه سازی دینامیک مولکولی، هر دو نرم افزار Amber و AmberTools مورد نیاز هستند. AmberTools از چندین بسته نرم افزاری مستقل مانند NAB, Antechamber, LEaP, pbsa, ptraj تشکیل شده است. تفاوت عمده میان Amber و AmberTools در آن است که AmberTools برنامه Sander را شامل نمی شود. Sander مهم ترین برنامه برای انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی در Amber است.

یکی از مزایای مهم Amber نسبت به سایر نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی، وجود برنامه Antechamber در آن است. اگر سیستم مورد مطالعه دارای building block هایی باشد که در میدان نیروهای پیش فرض در Amber موجود نباشند، می توان فایل های مورد نیاز میدان نیرو را با استفاده از برنامه Antechamber تولید کرد.

قابلیت ها و توانمندی های نرم افزار Amber

فایل مسیر در هر شبیه سازی شامل موقعیت، سرعت و شتاب تک تک اتم های سازنده سیستم است. از تجزیه و تحلیل فایل مسیر حاصل از شبیه سازی می توان موارد زیر را محاسبه کرد:

• 1)انرژی جنبشی، انرژی پتانسیل و انرژی کل سیستم
• 2)دما، فشار، دانسیته
• 3)Root Mean Square Deviation
• 4)Root Mean Square Fluctuation
• 5)Radial Distribution Function
• 6)Radius of Gyration
• 7)محاسبه ساختار متوسط در کل مسیر شبیه سازی
• 8)ساختار دوم پروتئین (dssp)
• 9)آنالیز پیوندهای هیدروژنی
• 10)انرژی آزاد به روش Thermodynamic Integration و MM_PBSA
• 11)محاسبه ضریب نفوذ از طریق میانگین مربع جابجایی ها
• 12)تحول زمانی فاصله میان مرکز جرم دو گروه در سیستم
• 13)محاسبه زوایا و دای هدرال ها
• 14)افت و خیز موقعیت اتم ها
• 15)محاسبه تعداد contact ها در فاصله قطع معین
• 16)تعیین لایه های اول و دوم حلالپوشی با شمارش تعداد مولکول های آب در فاصله معینی از دیگر اتم ها

مشخصات نرم افزار Amber

• ورژن: 20 (2020 Amber) و 22 (2022 برای AmberTools) و نسخه 22 (2022 Amber)
• نسخه: لینوکس
• حجم: 494 مگابایت + 98.1 مگابایت + 102 مگابایت
• نحوه دریافت: دریافت فوری و آنی لینک دانلود بعد از پرداخت