Molecular Docking داکینگ مولکولی چیست و چه کاربردی دارد

Molecular Docking داکینگ مولکولی روشی است که انرژی اتصال بین دو مولکول را به خوبی مشخص می کند. در واقع مطالعات داکینگ مولکولی برای تعیین متقابل اتصال دو مولکول مورد نظر و پیدا کردن بهترین جهت اتصال لیگاند با انرژی حداقل است.نتایج به دست آمده که کم ترین میزان انرژی را دارند می توانند به مقادیر عددی و کمی تبدیل شوند که این مقادیر کمی را می توان به صورت اطلاعات 3 بعدی از پروتئین-لیگاند تبدیل کرد و با نرم افزار های مناسب مثل rasmol و pymol مشاهده کرد.

در انجام فرایند داکینگ بین دو مولکول معمولا میانکنش هایی بین دو مولکول مورد نظر ایجاد می شود که به دست آوردن بهترین حالت اتصال که کمترین انرژی اتصال را دارد با استفاده از این میانکنش ها(force field) به دست می آید.

میانکنش های درگیر
این میانکنش های بین 2 مولکول شامل 4 مورد زیر است:
1-نیروهای الکترواستاتیک (Electrostatic forces – Forces) که معمولا بین دو مولکول صورت می گیرند و شامل انواع نیروهای بار-بار، بار-دوقطبی و نیروهای دوقطبی-دوقطبی هستند.
2-نیروهای الکتروداینامیک(Electrodynamics forces) که عموما به نیروهای واندروالس معروف هستند.
3-نیروهای فضایی(Steric forces)، این نیروها نیروهایی هستند که در اتم های مولکول های مختلف در اثر نزدیکی زیاد به یکدیگر به وجود می آیند و منجر به ایجاد واکنش می شوند و در نهایت انرژی اتصال را تحت تاثیر قرار می دهند.
4- نیروهای مرتبط با حلال (Solvent-related forces) که این نیروها در اثر واکنش شیمیایی بین مولکول های پروتئین یا لیگاند با مولکول های آب (حلال) به وجود می آیند.
تمام این نیروهای ذکر شده یک ویژگی مشترک دارند این ویژگی مشترک ماهیت الکترواستاتیکی این نیروها است.
داکینگ مولکولی را می توان به 2 بخش جداگانه تقسیم کرد:

1- الگوریتم جستجو (Search algorithm) ، این الگوریتم می تواند کنفورماسیون بهینه و مناسب را بین 2 مولکول تعیین کند و بهترین جهت گیری اتصال را پیدا می کند. انواع الگوریتم هایی که به این منظور استفاده می شوند شامل موارد زیر می شوند:
• داینامیک مولکولی ( Molecular dynamics )
• روش مونت کارلو (Monte Carlo methods )
• الگوریتم های ژنتیک (Genetic algorithms)
• روش های مبتنی بر قطعه (Fragment-based methods)
• روش های مکمل نقطه (Point complementary methods )
• روش های هندسه فاصله (Distance geometry methods)
• جستجوی سیستماتیک (Systematic searches )

برای دانلود فایل پی دی اف Molecular Docking داکینگ مولکولی چیست و چه کاربردی دارد روی لینک های دانلود کلیک کنید